Type d’emploi: Stage

Salaire: 623 € par mois

le contenu du travail

stage Urgent : Etude métabolomique de la sève élaborée du palmier à huile
Réf ABG-112663
Stage master 2 / Ingénieur
Durée 6 mois
Salaire net mensuel 623 euros

30/03/2023

Cirad (la recherche Agronomique pour le développement)
Lieu de travail
Angers Pays de la Loire France
Champs scientifiques
  • Biochimie
  • Agronomie, agroalimentaire
  • Biotechnologie
Mots clés
sève élaborée, métabolomique, ionomique, machine learning, palmier à huile fertilisation
Date limite de candidature
08/05/2023

Établissement recruteur

Site web :

http://www.cirad.fr

Le Cirad en bref
Le Cirad est l’organisme français de recherche agronomique et de coopération internationale pour le développement durable des régions tropicales et méditerranéennes.

Avec ses partenaires, le Cirad co-construit des connaissances et des solutions pour inventer des agricultures résilientes dans un monde plus durable et solidaire. Il mobilise la science, l’innovation et la formation afin d’atteindre les objectifs de développement durable. Il met son expertise au service de tous, des producteurs aux politiques publiques, pour favoriser la protection de la biodiversité, les transitions agroécologiques, la durabilité des systèmes alimentaires durables, la santé (des plantes, des animaux et des écosystèmes), le développement durable des territoires ruraux et leur résilience face au changement climatique.

En intégrant le Cirad, vous rejoignez une organisation aux ambitions et valeurs fortes, qui a un impact concret sur le développement des régions tropicales et méditerranéennes.

Le Cirad ce sont :

  • 1650 personnes salariées permanentes,
  • 300 en expatriation,
  • 320 dans les Drom,
  • 1140 scientifiques,
  • 400 doctorantes et doctorants par an
  • 450 stagiaires par an
Retrouvez plus d’informations sur notre site Internet : www.cirad.fr

Description

Recherche d’une méthode d’étude simple de la sève élaborée chez le palmier à huile en vue de connaitre les grands flux métaboliques et minéraux liées aux pratiques de fertilisation en plantation.

Objectif du stage :

il s’agit de comparer 3 méthodes d’extraction et d’ isolement de la sève élaborée chez le palmier à huile afin d’en analyser le contenu grâce à la métabolomique et la ionomique. Les résultats seront mis en regard avec ceux du DF (Diagnostic Foliaire) outil classiquement utilisé pour piloter la fertilisation du palmier en plantation agro-industrielle afin de contribuer à construire un indicateur simple potentiellement utilisable également chez les petits planteurs.

Programme :

Après une analyse bibliographique au CIRAD à Montpellier et une formation en laboratoire à l’université d’Angers, le stage consistera à essayer sur le terrain à Sumatra (Indonésie) plusieurs techniques d’extraction de la sève du palmier à huile à partir de plusieurs organes notamment les feuilles et les inflorescences du palmier.

Les échantillons extraits seront ensuite analysés en laboratoire à l’IRHS-INRAE -Université d’Angers par une approche métabolomique et ionomique (utilisation GC-MS et ICP-OES).

Les palmiers utilisés pour l’étude font partie d’un essai de fertilisation déjà en place depuis plusieurs années. Cet essai est situé dans la province de Riau en Indonésie, déjà échantillonnés en routine pour le DF. Dans ce contexte, les analyses de la sève permettront d’établir des relations entre les résultats d’analyses minérales classiques utilisées pour lors du diagnostic foliaire (concentration en nutriments des tissus végétaux) avec les résultats des analyses de la sève (métabolites et ions) et d’interpréter leur flux. L’objectif final étant de construire un bio-indicateur du statut minéral de l’arbre.

Contexte :cette étude fait l’objet d’un financement CRESI par le CIRAD, c’est-à-dire qu’elle se situe dans une trajectoire innovante et exploratoire concernant l’étude des voies métaboliques inexplorée du palmier à huile principalement impactée lors de la fertilisation (on se focalisera dans un premier temps sur K). Elle est en aval d’une importante quantité de travaux déjà réalisé sur ce sujet mais avec des techniques différentes ciblant des tissus végétaux classiques comme la feuille. L’intérêt de cette étude est d’essayer d’extraire la sève élaborée, hautement informative des flux métaboliques à travers la plante du palmier qui est une monocotylédone et donc possédant des faisceaux libéro-ligneux (cribro-vasculaires) nombreux mais très petits. Par ailleurs le challenge, pour l’agronomie du palmier, de la connaissance de la boite noire qu’est pour l’instant le compartiment « phloème », est un objectif important dans l’amélioration du diagnostic nutritionnel.

Méthodologie :

1. Bibliographie rapide sur les études récentes K sur le palmier à Montpellier et sur les études de sèves sur le palmier et sur monocotylédones

2. Formation aux techniques omics à l’IRHS-INRAE à Angers

3. Récoltes des échantillons et test des 3 méthodes sur le terrain (Indonésie)

4. Analyses omics des échantillons en laboratoire (Angers)

5. Utilisation du Machine Learning pour comparer les résultats obtenus (Angers)

Résultats attendus :

  • Description des 3 méthodes utilisées pour extraire la sève élaborée
  • Résultats sur la composition omic de la sève élaborée chez le palmier
  • Tentative d’une mise au point technique simple d’extraction
  • Brouillon d’article scientifique présentant les différentes méthodes ;
  • Rapport de stage.

Etablissement d’accueil principal :Cirad (UMR ABSys), Bât 2, Campus Cirad Lavalette, Montpellier. (administration)

Etablissement d’accueil temporaire : Université d’Angers, équipe IHRS INRAE, Angers. (laboratoire)

Terrain : Plantations du groupe Sinar Mas à Libo (centre de recherche Smartri), Province du Riau, Sumatra, Indonésie.

Profil

Etudiant.e ingénieur.e agronome, ou universitaire en physiologie végétale avec de bonnes connaissances en biologie, biochimie végétale. La connaissance des voies métaboliques principales chez la plante sera appréciée. Autonome et rigoureux.se, aimant le travail de terrain et l’expérimentation en champ. Le terrain se situant dans une zone isolée en Indonésie, des qualités d’adaptation à un climat tropical et un goût pour le travail à l’étranger sont indispensables. La connaissance de l’anglais est également nécessaire.

Prise de fonction

03/07/2023

Date limite: 19-03-2024

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